Das Programm gibt zunächst eine Liste mit Autor- bzw. Herstellername sowie zugehöriger Software aus. Findet man hier eine Anwendung, die sich nicht mehr im System befindet, genügt die Markierung der Checkbox, um alle zugehörigen Einträge aus der Registry zu entfernen. Alle Änderungen lassen sich in einem separaten Sicherungs-Fenster wieder rückgängig machen.

RegCleaner entfernt zudem nicht mehr benötigte Autostart-Einträge, Dateitypen sowie Shell-Erweiterungen und DLL-Dateien und bereinigt die Software-Uninstall-Liste in der Systemsteuerung.